新編武蔵風土記稿に「天台宗、中尾村吉祥寺門徒、普門山慈眼寺と號す、本尊正観音を安ず」とあります。中尾村吉祥寺はさいたま市緑区中尾1410にある寺で、慈覚大師が開山、兵火にかかり焼失した当寺を�ｮ定僧都が中興したといいます。徳川家康が関東入国した翌年の天正19年（1591）には寺領5石の御朱印状を拝領、慶長4年（1599）には公延親王の令旨により輪王寺宮の直轄寺となっていました。東叡山（寛永寺）学寮僧が住職を勤め、近隣に末寺5ヶ寺、門徒寺20ヶ寺を擁していた、天台宗の別格本山寺院です。