「深大寺」の名称は、仏法を求めて天竺へ旅した中国僧の玄奘三蔵を守護したとされる水神「深沙大王」（じんじゃだいおう）に由来していると伝えられている。
本尊は本堂に安置されている阿弥陀如来像。他に、元三大師（がんざんだいし）像を秘仏として祀る。元三大師は、比叡山の高僧であり、荒廃していた比叡山諸堂の復興など数多くの功績を上げられたことから比叡山中興の祖として崇められております。その大師のお祭りが、深大寺だるま市で、日本三大だるま市の一つとして知られている。寺最大の行事であり、300店程の店が軒を並べて10万人前後の人々が訪れる。
境内に複数の湧水源を持ち湧水を利用した「不動の滝」は「東京の名湧水57選」に選定される。